《洞洞杂货铺》是一部治愈系都市奇幻漫画，讲述在繁华商业街的尽头，有一家只有失意者才能看见的古老杂货铺。店主是一位永远带着银色面具、自称“洞洞”的神秘青年，他收集并修补人们遗落在时光中的“情绪碎片”，将其制作为拥有微弱魔力的奇特商品——能看见故人背影的怀旧滤镜、能听见对方心声的共鸣耳机、能体验他人梦境的特制蜡烛。女主角洛萤是个因社交恐惧而自我封闭的大学生，她在逃避现实时闯入杂货铺，阴差阳错成为兼职店员。在与形形色色顾客的接触中，她渐渐学会接纳世界的不完美，并试图揭开店主面具下尘封的过去。
洛萤无意中在阁楼找到一张老照片，照片上年轻的店主与一位小女孩拉钩约定。店主终于坦白，那位小女孩是他早逝的妹妹，他开这家铺子就是为了完成“帮所有人找回笑容”的承诺，面具是他对自己的惩罚。
一位因失去爱犬而陷入抑郁的男孩，买走了能体验他人美梦的“梦境蜡烛”。他点燃后，在梦中与爱犬再次奔跑于草地上，醒来后虽泪流满面，但终于有了向前看的勇气，他抱着蜡烛余烬对洛萤道谢。
一位不善言辞的插画师买走“共鸣耳机”想了解心上人的想法，却因听到过多嘈杂心声而崩溃。洛萤开导她“真心不是听来的，是感受来的”。插画师摘下耳机，用自己最真实的一幅画作打动了对方。
一位老奶奶买下怀旧滤镜，想再看一眼已故老伴的背影。滤镜却在关键时刻碎裂，老奶奶反而笑了，她说：“背影记在心里就够了，不用滤镜也能看见。”她走后，洛萤发现滤镜自行修复，光芒更盛。
一位事业陷入瓶颈的钢琴家买走一只号称能“找回初心”的旧音乐盒。音乐盒的旋律让他想起了年少时在街头卖艺的纯粹快乐，他放弃了一场商业演出，回到母校的琴房，弹出了沉寂多年的第一首原创曲。
洛萤因在实习中犯错被辞退，失魂落魄地走在街头，被一个凭空出现的快递箱绊倒。箱子上写着“洞洞杂货铺·收”，她鬼使神差地按地址找去，推开那扇吱呀作响的木门，看到了正在修补瓷器的面具店主。